В 1963 закончил престижный Университет Гакусюин, факультет политики и экономики. В университете входил в клуб по изучению детской литературы. В этом клубе изучались, в основном, западные детские книги. В апреле 1963 получил работу фазовщика в Toei Animation. К 1964 года стал председателем профсоюза.

В октябре 1965 женился на коллеге Акэми Оте. Двое сыновей: Горо и Кэнсукэ. Первый против воли отца снял анимационный фильм «Сказания Земноморья», второй — резчик по дереву, одна из его работ использована в «Шёпоте сердца».

Миядзаки создал или участвовал в создании множества полнометражных аниме. Кроме того, он также автор нескольких манг. В Японии фильмы Миядзаки имели огромные кассовые сборы и встретили большой успех у критиков. Фильм «Унесённые призраками» стал самым прибыльным фильмом в Японии за всю историю, «Принцесса Мононокэ» и «Ходячий замок» также имели огромный успех. Несмотря на это, до выхода в 2002 году фильма «Унесённые призраками», за пределами Японии он был известен мало. Многие его фильмы посвящены теме взаимоотношений человечества с природой и технологиями. Как указал в одном из своих интервью Хаяо Миядзаки, он является ярым поклонником «Ёжика в тумане» и «Снежной королевы», двух советских мультфильмов. Практику Миядзаки проходил на Мосфильме.